环境税把环境污染和生态破坏的社会成本，内化到生产成本和市场价格中去，再通过市场机制来分配环境资源的一种经济手段。环境保护税费制度改革主要是进一步理顺环境税费关系，但在具体实施中还面临一些难题。
1、如何确定环境税征收范围和税率。税率设计要综合考虑现行排污费收费标准、实际治理成本、环境损害成本和收费实际情况等因素。现在环境税开征遇到的主要问题是如何真正准确地测算出某种税率对经济、物价、老百姓和消费的影响究竟有多大。
2、如何与其他税收制度改革相互协调，例如资源税、增值税；再有就是与现在环境方面的收费如何协调，如排污费、矿产开发保护费等。环境税的开征涉及财税体制的方方面面，以及多个部门之间利益的协调等，必须统筹兼顾。
3、如何解决技术问题。目前《排污费征收使用管理条例》已有较为完备的法律框架，一旦费与税之间融合或过渡，还需要解决很多技术问题。环境税的征税依据是企业的生产和排放数据，有些数据需要通过企业申报来获得，因此要增强相关部门的能力，配备相应设备，建立准确、可靠的排污申报和核实制度。
4、如何化解来自企业的阻力，特别是工业企业，很多地方担心征收环境税会影响企业竞争力。环境税征收既要能够调整企业的行为，同时又不能给企业和企业所在的行业过重的负担。
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