企业孵化器的价值就是要以最高效率、最少的花费和利用稀缺的资源，让每个物品结合在一起所消耗的成本实现最小化，从而获得每个人都需的效用。

随着我国高新科技的发展，企业孵化器的运营也发生了一系列的变化，它逐渐从最初的出租场地、提供简单的服务向软环境建设方向发展，更加重视为创业群体提供政策、法律、文化等方面的健全机制。企业孵化器也逐渐从项目的 “ 引进 ” 向 “ 引进 ” 、 “ 培育 ” 方向发展。这个现象就好像育苗，在选好苗子的前提上，还要合理的浇水、施肥，如果不这么做，那么再好的苗子也难以生长发芽。特别是综合孵化器，由于它是综合型的，所跨行业较多，同行企业的发展程度参差不齐，差距自然而然便产生了，并且为项目管理及培育增加了难度。那么解决这一问题的办法是在实际操作过程中拟定梯级孵化计划，按行业对项目进行分类，确定行业的核心企业，次级企业，再根据核心企业、次级企业的实际状况进行发展。  

据我们的了解，资金、人力、市场就像是创业初期企业成长需要的 “ 水 ” 和 “ 肥 ” ，这三者资源不仅影响创业企业的发展进程，而且不利于社会资源的优化配置。而专业的企业孵化器是通过专业化的人员配备和服务功能，以及拥有一定规模的种子基金，更有利地为孵化企业解决成长所需的 “ 水 ” 和 “ 肥 ” 问题；但是对于综合型的企业孵化器是为了促进资金供需双方的交流与合作、加强创业企业对人才的管理与发掘、帮助企业对产品市场定位的正确认识，并从中加大培育力度，以至减少因为信息不对称而产生的交易成本的现象。